Sim, contudo não como regra, apenas em caráter excepcional.
Conforme processo SEI! 23117.084243/2019-07, a Procuradoria da Universidade Federal de Uberlândia esclarece que por diárias e passagens se tratar de indenização tem natureza patrimonial disponível, permitindo que o servidor possa renuncia-las. Contudo, tal prática deve ser excepcional e com preenchido de Termo de Renúncia (modelo SEI! 2909313).